長崎県とびきりの自然
日本の自然100選に選定された自然
 千々石海岸(雲仙市
人と自然が織りなす日本の風景100選に選定された風景
 青潮が洗う国境の島・対馬(対馬市)、島原の城下町-武家屋敷の水路(島原市
日本の渚100選に選定された渚
 高浜海水浴場(長崎市)、三宇田浜(対馬市
日本の白砂青松100選に選定された白砂青松
 野田浜(南島原市)、千々石海岸(雲仙市)、筒城浜(壱岐市
日本のかおり風景100選に選定されたかおり
 野母崎水仙の里公園と潮(長崎市
日本の音風景100選に選定された音
 山王神社被爆の楠の木(長崎市
日本の名水100選に選定された名水
 島原湧水群(島原市)、轟渓流(諌早市
日本の森林浴の森100選に選定された森
 上山公園(諌早市)、雲仙あざみ谷(雲仙市
日本の水源の森100選に選定された森
 轟の森林(諌早市)、雉鳴水源の森(対馬市
日本の森の巨人たち100選に選定された樹
 萱瀬スギ(大村市
日本の水の郷100選に選定された郷
 火山とともに生きる湧水と歴史の国民公園都市(島原市
日本のさくら名所100選に選定された桜
 大村公園(大村市
日本の道100選に選定された道
 オランダ坂(長崎市)、五島列島福江島国道384号(五島市
日本の歴史の道100選に選定された道
 長崎街道-日見峠越・井樋尾峠越(長崎市 、諌早市 、大村市
日本の棚田100選に選定された棚田
 鬼木棚田(波佐見町)、土谷棚田(松浦市)、日向の棚田(川棚町)、大中尾棚田(長崎市
日本のむら景観100選に選定されたむら
 木指(雲仙市)、椎根(対馬市
日本の紅葉100選に選定された紅葉
 仁田峠(雲仙市)、ミルマツナ(有明海
日本の夕陽100選に選定された夕陽
 石岳展望台(佐世保市)、大瀬崎断崖・渕ノ元(五島列島・福江島(五島市))
 西海国立公園鯛の鼻・自然公園・根獅子(平戸市
日本のふるさといきものの里100選に選定された里
 本河内高部貯水池上流(ゲンジボタル)(長崎市
長崎県のほたるの舞う里
 木場町(長崎市
長崎県自然環境保全地域
 鐙瀬海岸、田ノ浦海岸(五島市)、虚空蔵山(川棚町
 末津島、前島、舅ヶ島・奈木崎海岸(五島市
 矢堅崎西海岸(新上五島町)、大瀬良東海岸、高峰西海岸、津和崎海岸(新上五島町
 子ソ崎、妙見、青海海岸(対馬市)、合歓ノ木、茂木海岸(対馬市
長崎県の鳥獣保護区集団繁殖地域に選定された地域
 男女群島(オオミズナギドリ、カンムリウミスズメ)(五島市
日本の鳥獣保護区特定鳥獣生息地に選定された地域
 対馬市(ツシマヤマネコ)
長崎県の国立公園指定地区 
 西海国立公園
国立公園海中公園指定地区
 福江(五島市)、若松(新上五島町
長崎県の国定公園
 壱岐対馬国定公園玄海国定公園
国定公園海中公園指定地区
 壱岐辰ノ島、壱岐手長島(壱岐市)壱岐妻ヶ島(壱岐市
 対馬浅茅湾(対馬市)対馬神崎(対馬市
日本の重要湿地「500」に選定された湿地
 長崎県の重要湿地リスト