熊本県とびきりの自然
平成の名水100選(2008年)に選定された名水 
 水前寺江津湖湧水群(湧水)(熊本市)、金峰山湧水群(湧水)(熊本市)(玉名市)、
  南阿蘇村湧水群(湧水)(南阿蘇村)、六嘉湧水群・浮島(湧水) (嘉島町
日本の自然100選に選定された自然
 市房山(熊本市江津・江図町)、江津湖(球磨郡水上村
人と自然が織りなす日本の風景100選に選定された風景
 阿蘇山麓・矢部町の通潤橋(山都町)、阿蘇山艸千里の草山(阿蘇市)、中九州五家荘・五木の山村(五木村
日本の渚100選に選定された渚
 キリシタンの里崎津(天草市)、白鶴浜・妙見ヶ浦(天草市)、有明海・砂干潟(宇土市
日本の白砂青松100選に選定された白砂青松
 有明海岸松並木(荒尾市)、天草松島(上天草市)、白鶴ヶ浜(天草市)、
日本のかおり風景100選に選定されたかおり
 大学山の照葉樹林(水俣市)、河浦崎天主堂と海(天草市
日本の音風景100選に選定された音
 通潤橋の放水(山都町
日本の滝100選に選定された滝
 四十三万滝(菊池市)、栴檀轟の滝(八代市)、数鹿流ケ滝(南阿蘇村)、鹿目の滝(人吉市
日本の名水100選に選定された名水
 轟水流(宇土市)、白川水流(南阿蘇村)、菊池水源(菊池市)、池山水源(阿蘇郡産山村
日本の森林浴の森100選に選定された森
 くまもと自然休養林菊池渓谷(菊池市)、端海野森林公園(球磨郡五木村
 
日本の森の巨人たち100選に選定された樹
 内大臣の大杉(山都町
日本の水の郷100選に選定された郷
 水と緑のまち・くまもと(熊本市
日本の水源の森100選に選定された森
 菊池渓谷自然休養林(菊池市
日本のさくら名所100選に選定された桜
 熊本城(熊本市)、市房ダム湖畔(球磨郡水上村)、チェリーライン(水俣市
日本の道100選に選定された道
 国道57号大津の並木道、 天草諸島天草パールライン
日本の歴史の道100選に選定された道
 豊後街道-小倉路((阿蘇市 、阿蘇郡産山村)、豊前街道-鶴崎路(山鹿市 、和水町 、南関町
 薩摩・肥後街道(水俣市出水市),菊池川水運(玉名市
日本のむら景観100選に選定されたむら
 小野田(阿蘇市)、白糸(山都町
日本の紅葉100選に選定された紅葉
 吉無田高原(御船町)、蘇陽峡(山都町
日本の夕陽100選に選定された夕陽
 西平椿公園・鬼海ケ浦展望所(天草市)、黒石海岸・小森海岸(天草市
 高舞登山展望所・天草五橋(
日本のふるさといきものの里100選に選定された里
 江津湖ホタルの里(ゲンジボタル)(熊本市)、一ツ池のホタル(ゲンジボタル)(山鹿市
 菊池ホタルの里(ゲンジボタル)(菊池市)、轟公園と下津深江川のカジカガエル(天草市
 永浦島のハクセンシオマネキ(上天草市
熊本県のほたるの舞う里
 山江温泉ほたる付近・山江村万江地区 小鶴橋周辺・吐合橋周辺(球磨郡山江村
熊本県の国立公園
 雲仙天草国立公園阿蘇くじゅう国立公園
国立公園海中公園指定地区
 富岡(天草郡苓北町)、天草(天草市)、牛深(天草市
熊本県の国定公園
 耶馬日田英彦国定公園九州中央山地国定公園
熊本県自然環境保全地域
 染岳(天草市)、大川(水俣市)、波野村スズラン群生地(阿蘇市
 大野渓谷(人吉市)、男鹿野(球磨郡あさぎり町)、無田湿原( 水俣市
日本の重要湿地「500」に選定された湿地
 熊本県の重要湿地リスト